ВУЗ организован Постановлением Правительства Российской Федерации № 834 от 29 октября 1992 года по предложению Российской академии наук и Комитета по высшей школе Министерства науки, высшей школы и технической политики России как Пущинский государственный университет (ПущГУ). Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации № 2264 от 6 сентября 2011 года переименован в Пущинский государственный естественно-научный институт (ПущГЕНИ).
ПущГЕНИ - первый отечественный ВУЗ, созданный на базе академических институтов естественнонаучного профиля Российской Академии наук. Создание ВУЗа такого типа является уникальным экспериментом и олицетворяет идею сближения экспериментальной и теоретической науки с процессом обучения и подготовки высококвалифицированных и эрудированных специалистов.