Наука

Лабораторная база включает в себя современное высокотехнологичное оборудование, в частности сканирующий электронный микроскоп, мультифотонный микроскоп, лиофильные сушки, MALDI TOF, ультрацентрифуги, Real-time PCR и др.

Уникальные научно-технические подразделения:

  • Центр экспериментальной биотехнологии ИБФМ РАН, cозданный на базе опытной технологической установки.
  • Установка лабораторных ферментеров.

Основные достижения, значимые открытия, изобретения:

  • Поддерживается в нарастающем объеме и сохраняется «Всероссийская коллекция микроорганизмов», насчитывающая 15000 культур немедицинского профиля, пополняются рабочие коллекции микроорганизмов, используемых в биотехнологических разработках.
  • Исследованы особенности регуляции биохимических процессов у микроорганизмов, связанные с запасанием пластических материалов и энергии в виде полимерных соединений, выполняющих резервную функцию (в первую очередь неорганических полифосфатов); установлена регуляторная роль полифосфатов в биосинтезе гликопротеинов, антибиотиков и алкалоидов.
  • Изучены вопросы функциональной значимости, распространения, классификации, организации и эволюции бактериальных плазмид. Сформирована коллекция штаммов-деструкторов нефтепродуктов. Созданы предпосылки для направленного конструирования микробных ассоциаций с заданными свойствами для разработки биотехнологий очистки окружающей среды от антропогенных загрязнений.
  • Изучены тионовые бактерии, способные окислять минеральные сульфиды, для развития технологии выщелачивания ценных металлов из минералов.
  • Установлено широкое распространение в природе ультрамикробактерий – сверхмелких свободно-живущих микроорганизмов, обитающих в почвах, илах, воде, на корнях растений. Открыто свойство паразитизма ультрамикробактерий на других видах бактерий.
  • Биотехнологические методы получения ключевых интермедиатов синтеза ряда стероидных лекарственных препаратов. Применение этих методов позволяет заместить сложные химические синтезы и упростить общую схему получения лекарственных субстанций.
  • Создан новый антимикробный препарат «Лизоамидаза». Препарат разрушает клетки антибиотикоустойчивых патогенных бактерий, в том числе стафилококков, стрептококков, сибиреязвенной бактерии, споры грибов и бактерий, клетки дрожжей, вызывающих кандидозы. Не снижает иммунный статус, оказывает иммуностимулирующее действие на организм.
  • Ферментные и клеточные биосенсорные электроды для детекции спиртов на основе фермента алкогольоксидазы из дрожжевых клеток и биомассы дрожжевых клеток, содержащих высокоактивную алкогольоксидазу. Созданы прототипы биосенсорных анализаторов для производства промышленных изделий.

Основные публикации за последние 5 лет:

  • Dedyukhina E.G., Chistyakova T.I., Kamzolova S.V., Vinter M.V., Vainshtein M.B. Arachidonic acid synthesis by glycerol-grown Mortierella alpina. // Eur. J. Lipid Sci. Technol. 2012. V. 114: 833-
  • Фишман К.С., Акимов В.Н., Сузина Н.Е., Вайнштейн М.Б., Лианг К. (Liang X.) Сульфатвосстанавливающая бактерия Desulfobulbus sp. штамм BH из пресноводного озера в провинции Гуйчжоу, Китай. // Биология внутренних вод. 2013. № 1: 18-23.
  • Ryzhmanova Y., Nepomnyashchaya Y., Abashina T., Ariskina E., Troshina O., Vainshtein M., Shcherbakova V. New sulfate-reducing bacteria isolated from Buryatian alkaline brackish lakes: description of Desulfonatronum buryatense sp. nov. // Extremophiles. 2013. V. 17 (5): 851-859.
  • Schwartsburd P., Agababov R., Vainshtein M. Gender difference in calcification diseases: is it the result of gender-specific ways of nano-bacterial expansion? // Medical Hypotheses. 2013. V. 81 (5): 911-912.
  • Vainshtein M., Belova N., Kulakovskaya T., Suzina N., Sorokin V. Synthesis of magnet-sensitive iron-containing nanoparticles by yeasts. // Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology (JIMB). 2014. V. 41: 657-663.
  • Dedyukhina E.G., Chistyakova T.I., Mironov A.A., Kamzolova S.V., Morgunov I.G., Vainshtein M.B. Arachidonic acid synthesis from biodiesel-derived glycerol by Mortierella alpina. // European Journal of Lipid Science and Technology. 2014. V. 116 (4): 429-437.
  • Smolyaninov V., Shekhvatova G., Vainshtein M. Gold leaching by organic base polythionates: new non-toxic and secure technology. // SpringerPlus. 2014, 3:180.
  • Vainshtein M. Probiotics for environmental sanitation: goals and examples. // In: “Current Environmental Issues and Challenges”: pp 127-135. Cao, G., Orrù, R. (Eds.. Springer, 2014 , VIII, 278 p.
  • Vainshtein M. Bioleaching of metals as eco-friendly technology. // In: “Current Environmental Issues and Challenges”: pp 197-205. Cao, G., Orrù, R. (Eds.). Springer, 2014, VIII, 278 p.
  • Vainshtein M., Smolyaninov V., Shekhvatova G. New non-toxic and secure technology for gold leaching by organic base polythionates. // International Journal of Engineering Science and Innovative Technology. 2014. V. 3 (4): 50-57.
  • Dedyukhina E.G., Kamzolova S.V., Vainshtein M.B. Arachidonic acid as an elicitor of the plant defense response to phytopathogens. // Chemical and Biological Technologies in Agriculture. 2014. V. 1:18.
  • Быков А.Г., Поливцева В.Н., Абашина Т.Н., Вайнштейн М.Б. Подавление микробиологической коррозии бетона сульфидом никеля. // Коррозия: материалы, защита. 2014. № 12. С. 29-32.
  • Дедюхина Э.Г., Чистякова Т.И., Миронов А.А., Камзолова С.В., Минкевич И.Г., Вайнштейн М.Б. Влияние рН, аэрации и температуры на синтез арахидоновой кислоты Mortierella alpine. // Прикладная биохимия и микробиология. 2015. Т. 51 (2). С. 243–250.
  • Vainshtein M., Abashina T., Bykov A., Repina A., Kaparullina E. Formate supplementation can increase nickel recovery by Halothiobacillus halophilus. // World Journal of Microbiology and Biotechnology. 2015. V. 31 (3). Р. 535-537.
  • Дрогалева Т.В., Рыжманова Я.В., Вайнштейн М.Б. Сульфатредуцирующие бактерии в пластовых водах системы подержания пластового давления Усть-Тегусского нефтяного месторождения. // Биология внутренних вод. 2015. Вып.1. С. 13-18.
  • Bykov A.G., Polivtseva V.N., Abashina T.N., Vainshtein M.B. Inhibition of microbiological corrosion of concrete by nickel sulfide. // Protection of Metals and Physical Chemistry of Surfaces. V. 51 (7). P. 1194-1197.
  • Вайнштейн М.Б., Смолянинов В.В., Абашина Т.Н., Шехватова Г.В. Выщелачивание золота: тенденции и предложения. // Золото и технологии. 2015. Вып. 1 (27). С. 100-103.
  • Абашина Т.Н., Вайнштейн М.Б., Хаустов С.А. Бактериальная коррозия бетона и биовыщелачивание отходов горнорудной промышленности. (Методическое руководство для микробиологических исследований.) Пущино, изд-во ТулГУ, 2015, 101 с. ISBN 978-5-7679-3110-1. DOI: 10.13140/RG.2.1.4017.6801
  • Смолянинов В.В., Шехватова Г.В., Вайнштейн М.Б., Абашина Т.Н. Политионаты органических оснований в гидрометаллургии золота и цветных металлов. Пущино, изд. FixPrint, 124 c. ISBN 978-5-600-01095- DOI: 10.13140/RG.2.1.4259.5688
  • Abashina T., Laurinavichius K., Vainshtein M. Suppositional area for the search of bacterial products for anticancer therapy. // Medical Hypotheses. 2016. V. 92: 54–56.
  • Моргунов И.Г., Дедюхина Э.Г., Камзолова С.В., Чистякова Т.И., Лунина Ю.Н., Миронов А.А., Степанова Н.Н., Шемшура О.Н., Вайнштейн М.Б. Микробиологическое получение препаратов органических кислот в качестве средств защиты растений. // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова. 2016. Т. 12. № 3. С. 41-
  • Khokhlova G., Vainshtein M. Application of static and impulse magnetic fields to bacteria Rhodospirillum rubrum VKM B-1621. // AMB Express (Applied Microbiology and Biotechnology Express). 2017. V. 7: 60. DOI: 1186/s13568-017-0362-9
  • Порошина М.Н., Доронина Н.В., Капаруллина Е.Н., Ковалевская Н.П., Троценко Ю.А. Галофильные и галотолерантные метилобактерии, выделенные из техногенных Соликамских экосистем. Микробиология. 2013. т. 82. № 4. С. 473-482.
  • Ежов В.А., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Биосинтез полигидроксибутировалерата Methylobacterium extorquens G-10 на смеси метанола и пентанола. Прикл. биохим. микробиол. 2013. т. 49. № 2. С. 171-174.
  • Doronina N.V., Kaparullina E.N., Trotsenko Y.A. Methylopila musalis sp. nov., an aerobic facultatively methylotrophic bacterium isolated from banana fruit. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2013. v. 63. № 5. P. 1847-1852.
  • Doronina N.V., Poroshina M.N., Kaparullina E.N., Ezhov V.A., Trotsenko Y.A. Methyloligella halotolerans gen. nov., sp. nov. and Methyloligella solikamskii sp. nov., two non-pigmented halotolerant obligately methylotrophic bacteria producing ectoine and polyhydroxybutyrate. Appl. Microbiol. 2013. v. 36. № 1. P. 148-154.
  • Насонова М.В., Лузгарев С.В., Бураго А.Ю., Доронина Н.В., Ежов В.А., Кудрявцева Ю.А. Тканевая реакция на имплантацию различных биодеградируемых мембран в эксперименте // Сибирский медицинский журнал. 2013. № 4. С. 63-67.
  • Порошина М.Н., Доронина Н.В., Ежов В.А., Троценко Ю.А. Сравнительная характеристика биосинтеза полигидроксибутирата Methylobacterium extorquens G10 и Methyloligella halotolerans C2 на метаноле // Прикл. Биохим. Микробиол. 2014. Т. 50. № 3. С. 283-288.
  • Федоров Д.Н., Замахаева С.А., Ежов В.А., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Генетическая модификация штамма-продуцента полигидроксибутирата Methylobacterium extorquens G10 // Прикл. Биохим. Микробиол. 2014. Т. 50. № 3. С. 289-284.
  • Агафонова Н.В., Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Фосфатсолюбилизирующая активность аэробных метилобактерий // Микробиология. 2014. Т. 83. № 1. С. 28-32.
  • Doronina N.V., Kaparullina E.N., Trotsenko Y.A. Methyloversatilis thermotolerans sp. nov., a novel thermotolerant facultative methylotroph isolated from a hot spring // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2014. V. 64. № 1. 158-164.
  • Doronina N., Kaparullina E., Trotsenko Y. The family Methylophilaceae / In: The Prokaryotes. : E. Rosenberg, DeLong E.F., Lory S., Stackebrandt E., Thompson F. // Berlin-Heidelberg: Springer Verlag. 2014. P. 869-880.
  • Poroshina M.N., Trotsenko Y.A., Doronina N.V. Methylobrevis pamukkalensis gen. nov., sp. nov., a halotolerant restricted facultative methylotroph isolated from saline water // Int. J. Syst. Microbiol. 2015. V. 65. № 4. P. 1321-1327.
  • Агафонова Н. В., Капаруллина Е. Н., Доронина Н. В., Троценко Ю. А. Methylopila turkiensis sp. nov. – новый аэробный факультативно метилотрофный фитосимбионт // Микробиология. 2015. Т. 84. № 4. С. 456-465.
  • Галузина Т.В., Герасин В.А., Доронина Н.В., Ежов В.А., Троценко Ю.А., Киприанов С.В., Иванов А.О., Филатова М.П., Шклярук Б.Ф. Структура и свойства полигидроксиалканоатов, синтезируемых Methyloligella halotolerans C2 и Methylobacterium extorquens G10, из метанола и его смеси с пентанолом // Высокомолекулярные соединения. Серия А. 2015. Т. 57. № 6. С. 511-520.
  • Доронина Н.В., Торгонская М.Л., Федоров Д.Н., Троценко Ю.А. Аэробные метилобактерии – перспективные объекты современной биотехнологии (обзор) // Прикл. биохим. и микробиол. 2015. Т. 51. № 2. С. 111-121.
  • Порошина М.Н., Доронина Н.В., Капаруллина Е.Н., Троценко Ю.А. Advenella kashmirensis subspecies methylica PK1 – факультативный метилотроф из ризосферы осоки // Микробиология. 2015. Т. 84. № 1. С. 90-97.
  • Доронина Н.В., Капаруллина Е.Н., Троценко Ю.А. Уточненное описание Methylovorus glucosotrophus Govorukhina and Trotsenko // Микробиология. 2016. Т. 85. № 5. С. 506-511.
  • Шмарева М.Н., Агафонова Н.В., Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Исправленные описания Advenella kashmirensis kashmirensis subsp. nov., Advenella kashmirensis subsp. methylica subsp. nov. и Methylopila turkiensis sp. nov. // Микробиология. 2016. Т. 85. № 5. С. 617-619.
  • Шишкова Д.К., Насонова М.В., Ходыревская Ю.И., Немойкина А.Л., Доронина Н.В., Глушкова Т.В., Кудрявцева Ю.А. Влияние состава и концентрации раствора биодеградируемых полимеров и их композиций на структуру и физико-механические свойства матриц, изготовленных методом электроспиннинга // Комплексные проблемы сердечно-сосудистых заболеваний. 2016. № 2. С. 30-38.
  • Замахаева С.А., Федоров Д.Н., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Клонирование и характеристика полигидроксибутиратсинтазы из Methylobacterium extorquens AM1 // Журнал Сибирского Федерального Университета. Сер. Биология. 2016. Т. 2. № 9. С. 169-179.
  • Trotsenko Yu.A., Shmareva M.N., Doronina N.V., Tarlachkov S.V., Mustakhimov I.I., Vasilenko O.V. Draft genome sequence of Methylophaga muralis Bur 1, a haloalkaliphilic (non-methane-utilizing) methylotroph isolated from a Soda Lake. // Genome Announcements. 2016 Nov-Dec; 4(6): e01227-16.
  • Vasilenko O.V., Doronina N.V., Shmareva M.N., Tarlachkov S.V., Trotsenko Yu.A. Draft genome sequence of Methyloligella halotolerans C2T, a new halotolerant methylotroph, accumulating poly-3-hydroxybutyrate and ectoine. // Genome Announcements. 2016 Sep-Oct; 4(5): e01189-16.
  • Агафонова Н.В., Доронина Н.В., Троценко Ю.А. Повышение устойчивости растений гороха к окислительному стрессу, вызванному паракватом, при колонизации аэробными метилобактериями. // Прикладная биохимия и микробиология. 2016. Т. 52. № 2. С. 210-216.
  • Агафонова Н.В., Доронина Н.В., Капаруллина Е.Н., Федоров Д.Н., Гафаров А.Б., Сазонова О.И., Соколов С.Л., Троценко Ю.А. Новый фитосимбионт из рода Delftia, способный к автотрофной метилотрофии. Микробиология. 2017. Т.86. №1. С.88-98.
  • Kaparullina E.N., Trotsenko Yu.A., Doronina N.V. Methylobacillus methanolivorans nov., a novel non-pigmented obligately methylotrophic bacterium // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2017. V. 67. P. 425-431.
  • Капаруллина Е.Н., Доронина Н.В., Мустахимов И.И., Агафонова Н.В., Троценко Ю.А.. Биоразнообразие аэробных метилобактерий, ассоциированных с филлосферой растений Южного Подмосковья // Микробиология. 2017. Т. 87. №1. С.107-113.
  • Zakharyuk, A. G., Kozyreva, L. P., Khijniak, T. V., Namsaraev, B. B., & Shcherbakova, V. A. (2015). Desulfonatronum zhilinae sp. nov., a novel haloalkaliphilic sulfate-reducing bacterium from soda Lake Alginskoe, Trans-Baikal Region, Russia. Extremophiles, 19(3), 673-680.
  • Щербакова В.А., Лауринавичюс К.С., Чувильская Н. А., Рыжманова Я. В., Акименко В.К. Анаэробные бактерии, участвующие в деградации ароматических сульфонатов до метана
  • Прикладная биохимия и микробиология, 2015 т. 51, 2 стр. 206-212.
  • Shcherbakova V., Oshurkova V.,Yoshimura Y., The Effects of Perchlorates on the Permafrost Methanogens: Implication for Autotrophic Life on Mars Microorganisms 2015, 3(3), 518-534;
  • Troshina, O., Oshurkova, V., Suzina, N., Machulin, A., Ariskina, E., Vinokurova, N., Kopitsyn D., Novikov A. & Shcherbakova, V. (2015). Sphaerochaeta associata sp. nov., a spherical spirochaete isolated from cultures of Methanosarcina mazei JL01. International journal of systematic and evolutionary microbiology 2015 65: 4315-4322.
  • Shcherbakova, V., Yoshimura, Y., Ryzhmanova, Y., Taguchi, Y., Segawa, T., Oshurkova, V., & Rivkina, E. (2016). Archaeal communities of Arctic methane-containing permafrost. FEMS Microbiology Ecology, 92(10), fiw135.
  • Skoblikow NE, Zimin AA. Hypothesis of Lithocoding: Origin of the Genetic Code as a «Double Jigsaw Puzzle» of Nucleobase-Containing Molecules and Amino Acids Assembled by Sequential Filling of Apatite Mineral Cellules. J Mol Evol. 2016May;82(4-5):163-72. doi: 10.1007/s00239-016-9736-x. Epub 2016 Apr 5. PubMed PMID:27048216
  • Зимин А.А., Кочетков Ф.В., Осепчук Д.В., Кононенко С.И., Скобликов Н.Э., Использование бактериофагов для борьбы с колибактериозом и кампилобактериозом в птицеводстве. Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета (Научный журнал КубГАУ) [Электронный ресурс]. – Краснодар: КубГАУ, 2016. – №09(123). С. 421 – 432. – IDA [article ID]: 1231609029. – Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2016/09/pdf/29.pdf
  • Shavrina MS, Zimin AA, Molochkov NV, Chernyshov SV, Machulin AV, Mikoulinskaia GV. In vitro study of the antibacterial effect of the bacteriophage T5 thermostable endolysin on Escherichia coli cells. J Appl Microbiol. 2016 Nov;121(5):1282-1290. doi: 10.1111/jam.13251. PubMed PMID: 27501055.
  • Скобликов Н.Э., Кононенко С.И., Осепчук Д.В., Москаленко Е.А., Авдиенко В.В., Зимин А.А. Выделение и отбор нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli для противоколибактериозных препаратов. Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета (Научный журнал КубГАУ) [Электронный ресурс]. – Краснодар: КубГАУ, 2016. – №08(122). С. 554 – 566. – IDA [article ID]: 1221608040. DOI:10.21515/1990-4665-122-040 – Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2016/08/pdf/40.pdf
  • Skoblikow N.E., Zimin А.А. A search for relict ribonucleotide and amino acid sequences that played a key role in the development of the ribosome and modern protein diversity. Mathematical Biology and Bioinformatics 2015 V. 10. № 1. P. 116–130. doi: 10.17537/2015.10.116 http://www.matbio.org/article.php?journ_id=19&id=223&lang=eng
  • Солонин А. С., А.А. Зимин, Т.В. Ивашина От истоков генной инженерии к молекулярной микробиологии. История науки и техники. №5, стр. 37-46, 2015
  • Скобликов Н.Э., Забашта Н.Н., Тузов И. Н., Зимин А. А. Экспериментальный пробиотик и его влияние на динамику количественных и качественных изменений содержания E. coli кишечного микробиоценоза поросят // Труды КубГАУ. 2013г., № 1 (40), стр. 148-151
  • Mikoulinskaia G.V., Odinokova I.V., Zimin A.A., Stepnaya O.A. l-Alanoyl-d-Glutamate Peptidase (Bacteriophage T5). In: Neil D. Rawlings and Guy S. Salvesen, editors, Handbook of Proteolytic Enzymes. Oxford: Academic Press, 2013, Volume I, pp. 1407-1410. Глава в книге.
  • Зимин А.А., Микулинская Г.В., Нигматуллина Л.Ф., Назипова Н.Н. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Нос бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae. Математическая биология и биоинформатика. Том 7, номер 2, 2012 г., стр. 611–631.
  • Скобликов Н.Э., Кононенко С.И., Зимин А.А. Эффективность различных способов применения нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli для профилактики пост-отъёмной диареи поросят в условиях интенсивного производства свинины // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. 2012. № 78 (04) С. 763 – 774. Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2012/04/60.pdf
  • Скобликов Н.Э., Кононенко С.И., Зимин А.А. Комбинированное применение нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli с пробиотиком в пост-отъёмном периоде у поросят в целях повышения качества свинины // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. 2012. № 78. С. 599-609. Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2012/04/61.pdf
  • Скобликов Н. Э., Кононенко С.И., Зимин А. А. Оптимальная схема применения нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli для профилактики пост-отъёмной диареи поросят. Труды КубГАУ, выпуск 4 (37), стр. 169-173, 2012 г.. http://kgau-works.kubsau.ru/issue/2012-37/en#